1991年，張承志發表《
心靈史》，這本書集合性地體現了作者的身份：既是內陸亞洲史研究者，又是文學家；既是回族穆斯林，又是前紅衛兵。毫不意外，它的出生正如作者本人一樣，很難被歸類；這種看起來孤獨、尷尬、但卻傲慢的姿態，看起來似乎也是作者的一貫立場，他甚至大概對此不無享受。
此書誕生後，引發很多爭議和愕然，對這種寫作手法、敘述內容，乃至作者所流露出的信仰狂熱，都是這個時代所極為陌生的。讀完後以為晦澀者有之，震撼者亦有之，更多的則是不知所云，對於無法評說的東西，大抵也只能保持沉默。《心靈史》的發表可說標誌著張承志與主流文壇的進一步疏離，不過這種疏離是他主動選擇的結果——他是一個決不妥協的人。
《心靈史》中的一個核心問題就在於清政(蟹)府對哲赫忍耶持續鎮壓的合法性，因為按張承志的記述，正是這一鎮壓，造成“人民的暴力主義”完全的合法性，並使該教派的鬥爭演繹成一場艱苦卓絕的信仰抗爭。要肯定後者就必須堅決地否定前者。在此，張承志表現出激烈的無政(蟹)府主義傾向，時常流露出對國家機器的恐懼和不信任[1]，“否定任何政(蟹)府……有權力去侵犯他們個人的自由” （Spencer, 1862），毫不奇怪，他對以暴抗暴的政治行動主義的推崇也具備無政(蟹)府主義者的那種破壞性。對
哲合忍耶教派的起義及受迫害，張承志實際上以自己的方式將這段歷史予以重構了，他在書中曾以極強烈的字眼譴責清朝記錄篡改史實（不過他是從信仰而非史學的角度），而實際上這一點他本人也無法避免。
書評：《心靈史》作者：張承志（凡俗世界中的心靈洗禮）
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